گندزدایی مهم‌ترین فرآیند در امر تصفیۀ آب محسوب می‌شود. هدف از این فرآیند، تخریب و یا حذف میکروارگانیسم‌های بیماری‌زا از آب آشامیدنی می‌باشد، بنابراین نباید با استریل کردن که از بین بردن همه میکروارگانیسم‌های زنده است، اشتباه گرفته شود.

روش‌های متداول گندزدایی عبارتند از

باتوجه به اینکه در خروجی از تصفیه‌خانه‌های آب به احتمال فراوان عوامل بیماری زا از قبیل باکتری، ویروس و تخم انگل وجود دارد لذا به کمک واحد گندزدایی این عوامل را از بین می‌برند. اما زمانی که واحد ضدعفونی‌کننده در ابتدای مسیر، به‌عنوان پیش‌تصفیه قرار می‌گیرد، در واقع هدف حفاظت از تجهیزات و دستگاه‌ها در برابر آلوده شدن را دنبال می‌کند.
به‌طور کلی روش‌های متداول گندزدایی آب عبارتند از

1- روش‌های فیزیکی

_ حرارت: حرارت بر دو نوع است حرارت مرطوب (جوشاندن و پاستوریزه کردن)
_ اشعه: اشعه‌های مختلف به ویژه تابش فرابنفش (UV)

2- روش‌های شیمیایی

استفاده از مواد شیمیایی مانند:‌ گاز کلر، پودر کلر، آب ژاول، اوزن

برای اطلاعات بیش‌تر در این زمینه به بخش مقالات مراجعه نمایید.

از عمده‌ترین کاربردهای سیستم‌های گندزدا می‌توان به پیش تصفیه سیستم‌های غشائی اشاره نمود.

تجهیزات مرتبط با این سیستم عبارتند از:
سیستم تزریق کلر مایع – کلرزن گازی – اوزن زنی – لامپ UV